毓庆宫是一个由长方形院落组成的建筑群，共包含四进院落。在正门之前设有星门，第一进院落内设有三座值房，并且在西墙上开有阳曜门与斋宫相通。过第一进院落后，北面设有祥旭门，进入第二进院落，其中正殿为惇本殿，左右各配建有三间配殿。

第三进院落的两侧各有二十间围房，直至第四进院落。第四进院落的正殿即为毓庆宫，其建筑形式为工字殿。前殿面阔五间，进深三间，采用黄琉璃瓦歇山顶设计，前檐明间开门，次间、梢间设置为槛窗。后檐明间则连接穿廊与后殿相通。穿廊面阔一间，进深三间，两侧均为槛窗。后殿面阔五间，进深三间，同样采用黄琉璃瓦歇山顶设计，前檐明间与穿堂相通，廊檐安设小板门，次间、梢间为槛窗，后檐均为槛窗。后殿内明间悬挂的匾额为“继德堂”，西次间为毓庆宫的藏书室，命名为“宛委别藏”，东山墙则连接有一间悬山顶耳房与东围房相通。东耳房内悬挂着嘉庆皇帝御笔的匾额“味余书室”，其东侧围房内“知不足斋”的匾额亦是嘉庆皇帝御笔。

毓庆宫内的装修极其考究，尤其是后殿内部通过隔断被分成了多间小室，其门有的真实存在，有的则是假门设计，构思精巧，素有“小迷宫”之称。在最后一进院落内设有后罩房，面阔五间，进深三间，黄琉璃瓦悬山顶，前檐出廊，明间开门，次间、梢间为槛窗，两侧有耳房与东西庑房转角相接。